#72 - Jak działa RNA i czy możemy programować komórki? | prof. Janusz Bujnicki

W dzisiejszym odcinku rozmawiam z prof. Januszem Bujnickim o tym, jak działa RNA, jak sztuczna inteligencja pomaga je badać i na ile potrafimy projektować cząsteczki o określonych funkcjach.

Co właściwie potrafi RNA poza przenoszeniem informacji potrzebnej do produkcji białek? Dlaczego ta sama cząsteczka może przyjmować różne kształty i jak wpływa na to jej otoczenie? Czy umiemy dziś przewidzieć jej działanie, a nawet zaprojektować RNA o określonej funkcji?

W tej rozmowie poruszamy m.in. następujące kwestie:

- Jakie funkcje może pełnić RNA poza pośredniczeniem w produkcji białek?- Na ile sekwencja RNA określa jego strukturę, a na ile o kształcie cząsteczki decydują środowisko i inne cząsteczki?- Jak modyfikacje chemiczne mogą zmieniać strukturę i działanie RNA?- Skąd pochodzą dane potrzebne do modelowania RNA i dlaczego jego strukturę trudniej przewidywać niż strukturę białek?- Co potrafią dziś metody sztucznej inteligencji, w tym AlphaFold, i gdzie napotykają ograniczenia?- Dlaczego poznanie jednego możliwego kształtu RNA nie wystarcza do zrozumienia jego funkcji?- Czym różni się trafne przewidywanie od wyjaśnienia mechanizmu działania cząsteczki?- Na ile potrafimy projektować RNA o zadanych właściwościach i czego uczy przykład modyfikowanego tRNA?- Dlaczego łatwiej projektować warianty znanych cząsteczek niż zupełnie nowe struktury?- Czy da się przewidzieć, jak zmiana na poziomie pojedynczych atomów wpłynie na komórkę lub organizm?- Jak rozwój kriomikroskopii elektronowej może zmienić badania nad RNA?- W jakim sensie RNA może działać jak przełącznik lub element bramki logicznej?

Prof. Janusz Bujnicki jest profesorem nauk biologicznych, członkiem Europejskiej Organizacji Biologii Molekularnej (EMBO) oraz członkiem korespondentem Polskiej Akademii Nauk. W swoich badaniach łączy bioinformatykę, biologię strukturalną i metody doświadczalne. Jego zespół rozwija narzędzia do modelowania struktur RNA i ich oddziaływań, m.in. ModeRNA i SimRNA, oraz bazę MODOMICS poświęconą modyfikacjom RNA. W Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie bada również, jak poznanie struktury tych cząsteczek może pomóc w projektowaniu RNA o nowych funkcjach.

Wikipedia: https://pl.wikipedia.org/wiki/Janusz_BujnickiMiędzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie: https://www.iimcb.gov.pl/Laboratorium Bioinformatyki i Inżynierii Białka: https://www.iimcb.gov.pl/pl/laboratoria-iimcb/laboratorium-bioinformatyki-i-inzynierii-bialka

Rozd